三域与真核生物的系统

为什么是这样

沃斯（ウーズ）比较了所有生物都有的核糖体 RNA（rRNA）的碱基序列。选它是因为任何细胞合成蛋白质都离不开核糖体，而且 rRNA 变化很慢，适合比较远缘关系。结果全部生物分成三大群，称为域（ドメイン）：细菌（バクテリア）、古菌（アーキア）和真核生物，这就是三域说。

细菌和古菌都是原核生物，都没有核膜；但「共同缺少某种结构」不代表亲缘近。rRNA 系统树上最先分开的是细菌这一支，古菌与真核生物后来才分开。细菌包括大肠菌、乳酸菌、根瘤菌，以及能进行放氧光合作用的蓝细菌（シアノバクテリア）；古菌包括产甲烷菌、高度嗜盐菌、超嗜热菌，许多生活在高温、高盐、无氧等极端环境。

真核生物内部分为原生生物、植物、菌类、动物。以前的五界说把生物分为原核生物界、原生生物界、植物界、菌界、动物界；三域说并不否定真核生物内部的这种划分，而是把原核生物一分为二，并放到最高层级。陆上植物与绿藻共有叶绿素 a 和 b；蘑菇、霉菌、酵母等菌类靠吸收有机物生活，在系统上与动物比与植物更近。

定量表达

三个域可以用几项特征逐项比较（见图）：核膜，细菌无、古菌无、真核有；含肽聚糖（ペプチドグリカン）的细胞壁，只有细菌有；细胞膜脂质的结合方式，古菌是醚键，细菌和真核生物是酯键；与转录有关的 RNA 聚合酶等分子，古菌与真核生物相似。四项里只有「核膜」一项把细菌与古菌归在一起，其余各项都把古菌推向真核生物或单独一类。

真核生物内部也能用「有／无」逐级切分。陆上植物：没有维管束的是苔藓植物；有维管束、靠孢子繁殖的是蕨类植物；产种子的是种子植物，其中胚珠裸露的是裸子植物，被子房包住的是被子植物。动物看胚胎早期的原口：原口成为口的是旧口动物，又分为扁形动物、环形动物、软体动物等冠轮动物和节肢动物、线形动物等蜕皮动物；原口成为肛门、口在另一端新形成的是新口动物，包括棘皮动物、原索动物和脊椎动物。