法院与违宪审查
裁判所と違憲審査権
司法权独立靠法官的身份保障支撑；所有法院都有违宪审查权，最高法院作终审，被称为「宪法的守护者」，日本采用在具体诉讼中审查的附随的违宪审查制。裁判员制度（2009 年起）由 6 名裁判员与 3 名法官审理重大刑事案件第一审。
1891 年，来访的俄国皇太子在滋贺县大津被警备的巡查砍伤。政府担心与俄国的关系，要求以针对皇室的罪名判处死刑；大审院院长児島惟謙却坚持依法按普通谋杀未遂审理，最终判处无期徒刑。法院为什么能、而且应该顶住政府的压力？
为什么是这样
法院的任务是依法裁断纠纷、保护人权，即使被保护的是少数人、对抗的是多数派或政府。所以要求司法权独立（司法権の独立）：对外不受国会、内阁干涉，对内每位法官「依良心独立行使职权，只受宪法和法律约束」（第 76 条）。大津事件守住了对外的独立；但児島说服负责审理的法官，从对内独立的角度看又有问题。
独立要靠身份保障：法官只有在三种情况下被罢免——经裁判认定因身心故障不能执行职务、被国会的弹劾法院罢免、最高法院法官在国民审查（国民審査）中被罢免；行政机关不能惩戒法官，报酬在任期中不得减少。宪法还禁止设立特别法院（特別裁判所），行政机关不能作终审。
违宪审查权（違憲審査権，第 81 条）让法院可以判断一切法律、命令、规则、处分是否合宪。所有法院都拥有这项权力，最高法院是终审，所以被称为「宪法的守护者」（憲法の番人）。日本与美国一样采用附随的违宪审查制：只在审理具体诉讼时附带判断，不同于德国宪法法院那种不需具体案件的审查。
定量表达
最高法院由长官 1 名与法官 14 名共 15 名组成：长官由内阁指名、天皇任命，其他法官由内阁任命。下级法院包括高等法院（8 所）、地方法院、家庭法院、简易法院，其法官由内阁从最高法院提出的名单中任命，任期 10 年，可以再任。国民审查在任命后首次众议院总选举时进行，此后每经 10 年再审查一次，罢免票超过有效票的半数即被罢免，至今无人被罢免。
三审制：对第一审不服可以控诉（控訴），对第二审不服可以上告（上告）；有罪判决确定后发现新证据，还可以申请再审（再審）。审判分民事（私人之间）、刑事（检察官起诉被告人）、行政（对国家或地方公共团体的处分）。代表性的法令违宪判决：尊属杀人重罚规定（1973 年）、药事法的距离限制（1975 年）、众议院议员定数不均衡（1976 年、1985 年）、国籍法（2008 年）、非婚生子女的继承份额（2013 年）。
裁判员制度（裁判員制度）2009 年开始：从有选举权的人中抽选裁判员，参与重大刑事案件的地方法院第一审，原则上 6 名裁判员与 3 名法官一起决定有罪无罪与量刑。
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